北京医药行业协会于2001年4月25日正式成立。北京医药行业协会是以北京地区医药、医疗器械、工商企业、科研、大专院校相关企业为会员，依照国家有关法律法规自愿组成的自律性、非营利性的社会团体。到目前为止，已有会员二百余家，覆盖了北京医药行业主要的大中型工商企业。协会由北京市工业促进局管理，挂靠北京市药品监督管理局。　　
北京市经济发展“十五规划”，已将生物工程和新医药列入重点发展行业。随着社会主义市场经济体制不断完善和政府职能的转变，加强北京医药行业协会势在必行。北京医药行业协会是企业与政府之间的桥梁和纽带，是北京医药经济生活中的重要力量，通过协助政府实施行业管理和维护企业合法权益，推动北京医药行业和企业的健康发展。　　
北京医药行业协会的指导思想是：以邓小平理论和江泽民同志“三个代表”的重要思想为指导，深入贯彻党的“十五大”提出的培育和发展社会中介组织的精神，按照建立社会主义市场经济体制的要求，加快改革调整和规范发展。并在实践中，积极探索适应社会主义市场经济要求的组织形式和工作方式，并在政府转变职能后，存在于政府与企业之间的桥梁与纽带，协助政府逐步实现从直接管理转向间接管理。　　   
北京医药行业协会的宗旨是“服务”。根据国家经贸委《关于加快培育和发展工商领域协会的若干意见》的规定，协会的主要职能是为企业和行业服务，同时为政府部门和社会服务，以促进医药行业和医药经济的发展和壮大。　　
北京医药行业协会在政府授权和委托下，协助开展下列工作： 　　
一、有关我市医药行业调研、发展规划、产业政策的制定工作； 　　
二、我市医药行业统计和信息发布； 　　
三、我市医药企业GMP、GSP认证的测评和咨询等；　　
四、组织有关医药行业的展销会、展览会活动； 　　
五、开展国内外有关医药行业的经济技术交流与合作； 　　
行业协会为会员企业提供如下服务： 　　
1．组织各类专业人员职业培训及国内外新产品、新技术、新成果展览推广会。　　   
2．组织开展国内外的经济技术交流与合作。 　　
3．协助有关部门及时地有的放矢地宣传国家及北京市有关医药行业的方针政策与法规，帮助企业按现代化企业制度加强管理，尽快与国际接轨。
4．提供GMP、GSP技术咨询、技术服务及技术成果、专利的推广与转让服务。　　   
5．及时有效地向政府相关管理部门反映会员的要求与建议。 　　
6．创办有特点的行业刊物，为会员提供及时的、有益发展的信息服务，为企业找到新的发展起点提供条件。　　
7．承办政府有关部门及会员的其它要求和服务。 　　
协会将在市工促局、市药品监督管理局的领导指导下，积极开展工作，切实发挥桥梁和纽带作用，为北京医药行业的发展起到一定的推动作用。